Formé à l'École supérieure d'art dramatique du Théâtre National de Strasbourg, en section régie, Jean-Claude Berutti y fait l'apprentissage de la mise en scène auprès de Jean-Pierre Vincent. Il croisera ensuite, au cours de sa carrière, des hommes de théâtre tels que Pierre Barrat, Karl-Ernst Hermann et Patrice Chéreau.

De 1997 à 2002, il est directeura artistique du THéâtre du Peuple de Bussang dans les Vosges. En janvier 2002, il est codirecteur, avec François Rancillac, complice de toujours, de La Comédie de Saint-Étienne, un poste qu'il occupe jusqu'en 2009. En 2005, il devient également président de la Convention Théâtrale Européenne.

Au théâtre, il s'attache à des auteurs variés : Molière (Le Médecin malgré lui), Marivaux (L'Île des esclaves), Carlo Goldoni (L'Adulateur, Bettina), Georges Tabori (Requiem pour un espion), Fernand Commerlynck (Le Cocu magnifique), Beaumarchais (Le Mariage de Figaro), Harold Pinter (Old Times), Eugène Labiche (L'Affaire de la rue de Lourcine), Arthur Schnitzler (Le Professeur Bernhardi), Roger Martin du Gard (Confidence africaine, La Gonfle), Alexandre Ostrovski (La Forêt), Bertolt Brecht (Le Cercle de craie caucasien), Paul Emond (Caprices d'images), Peter Handke (Le pupille veut être tuteur), William Shakespeare (Beaucoup de bruit pour rien), Anton Tchekhov (La Cerisaie), Biljana Srbljanovic (La Chute), Eugène Ionesco (La Cantatrice chauve), Angelo Beolco (Ruzante), Falk Richter (Electronic City) ou encore Thomas Mann (Lotte à Weimar). 

Mélomane, Jean-Claude Berutti a aussi créé de nombreuses mises en scène d'opéra à l'Opéra du Rhin, de Lyon, de Nancy et de la Monnaie (Bruxelles).