Après des études de lettres modernes et de filmologie, Emmanuelle Marie s'oriente vers la scène en fondant la Compagnie des Docks avec Jacques Descorde.

Elle écrit en 1996 Ecce homo ? (éditions du Cosmogone) et Avant la chute. 
En 2000, son premier roman Le Palais des tortues (éditions de la Différence) est sélectionné par le Prix des lectrices de Elle et le festival du premier roman de Chambéry.

En mai 2001, elle est accueillie en résidence à la Chartreuse, et achève en juin Cut (L'avant-scène théâtre n°1137-1138), présenté au Théâtre du Rond-Point en juin 2003 dans une mise en scène de Jacques Descordes. Elle écrit également le livret de Là-bas peut-être l'africaine, opéra composé par Graciane Finzi (2003).

En 2004, à Montréal, Emmanuelle Marie entame l'écriture de Blanc, monté en 2006 par Zabou Breitman au Théâtre de la Madeleine avec Isabelle Carré et Léa Drucker. 

En 2005, elle achève Kidâme, commande d'écriture de la Compagnie des Docks. 

Emmanuelle Marie nous a quittés en mai 2007, des suites d'une longue maladie.