Après avoir fondé le Théâtre de l’Estrade à Paris en 1969, il devient le directeur artistique du Théâtre Daniel-Sorano à Vincennes, avant d’être nommé codirecteur puis directeur de la Comédie de Saint-Étienne de 1975 à 2002. Durant sa direction, il crée l’École de la Comédie de Saint-Étienne. En 2002, il succède à Jacques Weber à la direction du Théâtre national de Nice. Passionné par les échanges interculturels, il parle quatre langues et il est le fondateur de la Convention théâtrale européenne, du Forum du théâtre européen et du Centre européen de la jeune mise en scène.

Il a réalisé une centaine de mises en scène en France et à l’étranger dont des pièces de Shakespeare, Büchner, Goethe, Molière, Hugo, Euripide et Brecht pour les classiques et des créations de Pierre Bourgeade, Jean-Patrick Manchette, Serge Gaubert, Thomas Bernhard, Joshua Sobol, Botho Strauss, David Hare, George Tabori, Ariel Dorfman, Urs Widmer et Sarah Kane pour les créations.

Au Théâtre national de Nice, il met en scène notamment Festen de Thomas Vinterberg et Mogens Rukov, Misery de Simon Moore, Gurs : une tragédie européenne de Jorge Semprun, A.D.A. : L’Argent des autres de Jerry Sterner, Maître Puntila et son valet Matti de Bertolt Brecht, Faces d’après le film de John Cassavetes, Le Collectionneur de Christine et Olivier Orban, Rock’N’Roll de Tom Stoppard, Le Roman d’un trader de Jean-Louis Bauer, Le Rattachement de Didier Van Cauwelaert, Des jours et des nuits à Chartres de Henning Mankell et Après tout si ça marche, adapté de Woody Allen.

Parallèlement, il crée plus d’une vingtaine de mises en scène de théâtre à l’étranger, ainsi que des opéras : Nabucco de Verdi à l’Opéra National de Corée, La Bohème de Puccini à l’Opéra de Trieste et à l’Opéra de Nice, Wozzeck de Berg à l’Opéra de Nice, La Marquise d’O d’Heinrich von Kleist à l’Opéra de Monte-Carlo, des réalisations pour la télévision et un long métrage, Bal perdu, pour le cinéma.
Daniel Benoin a traduit de nombreuses pièces de théâtre et écrit Sigmarinen (France), éditée par Actes Sud-Papiers.