Né en 1947, il entre en 1967 dans la compagnie d'amateurs havraise Le Tableau Gris où il joue occasionnellement et réalise la plupart des décors et des costumes. En 1969, il est membre fondateur du Théâtre de la Salamandre, qui devient compagnie professionnelle et dont il prendra la direction artistique en 1972.
Après le succès de La vie de Jean-Baptiste Poquelin dit Molière, créé par la Salamandre en 1973, Gildas Bourdet est nommé, en octobre 1974, par le Ministère de la Culture à la direction du Centre Dramatique National du Nord à Tourcoing.
En janvier 1982, La Salamandre est promue Théâtre National de la Région Nord-Pas de Calais. En janvier 1989, La Salamandre inaugure le Théâtre Roger Salengro à Lille et s'y installe. En juin 1991, il quitte le Théâtre National de la Région Nord-Pas de Calais et devient metteur en scène indépendant dans le cadre de sa compagnie.
Depuis 1974, il met en scène de nombreuses créations telles que Proffolding Follies de Pierre Aime (1974), L'Ombre d'Evgueni Schwartz (1975), Martin Eden d'après Jack London (1976), Fin de partie de Samuel Beckett (1988), Les Fausses Confidences de Marivaux (1988), L'Eté de Romain Weingarten (1990), Le Malade imaginaire de Molière (1991), Héritage d'après Henry James, Celui qui dit oui, celui qui dit non de Bertold Brecht et Kurt Weil (1992), Histoire du soldat de Charles Ferdianand Ramuz et Igor Sravinsky (1993), ou Encore une histoire d'amour de Tom Kempiski (adaptation française de Jean-Claude Grumberg).
En 1995, il est nommé à la direction de La Criée, Théâtre national de Marseille. Il y signe la mise en scène de La Bonne Âme du Se-Tchouan de Bertold Brecht, La Mort d'Auguste de Romain Weingarten, Les Jumeaux vénitiens de Goldoni (1996), de l'une de ses pièces, Petit Théâtre sans importance (1996), d'Adam et Eve (1997) et de L'Atelier (1998), de Jean-Claude Grumberg...
Il réalise également des mises en scène et des décors d'opéra dans le cadre du Festival d'Aix-en-Provence, notamment La Finta Giardinera (1984) et Don Giovanni (1986) de Mozart.
Il écrit également des dramatiques pour la radio et la télévision. Pour le théâtre, il écrit Didascalies (1980), Derniers Détails (1981), Le Saperleau (1982), Une Station service (1985), Les Crachats de la lune (1986), L'Inconvenant (1988) ou Le Salon (2003), l’une des huit pièces du recueil Queneau que si !