Après des études de lettres et de chant, Alain Zaepffel devient contre-ténor et reçoit le diapason d'or pour le disque Dramatic Laments.  Mais également passionné par le théâtre, il mit en scène le roman La Princesse de Clèves en 1996 avec Marcel Bozonnet. 

Auteur d'ouvrages et de revues sur la voix, il dirige aujourd'hui le département Voix du Conservatoire National d'Art Dramatique de Paris. Selon lui, les conservatoires de théâtre et de musique ne devraient pas être séparés.

Depuis 2016, il est chevalier de l'odre des arts et des lettres.